Der Bürgerbeauftragte, auch Ombudsman genannt, ist unabhängig von Weisungen der Regierungen und arbeitet unparteilich. Seine Aufgabe besteht in der Entgegennahme und Bearbeitung von Beschwerden von Bürgerinnen und Bürgern sowie juristischen Personen der Europäischen Union, die sich gegen die europäischen Institutionen (mit Ausnahme des Gerichtshofs) wenden.

Der Bürgerbeauftragte führt alle Untersuchungen durch, die er zur Klärung eines vermuteten Missstands für notwendig hält. Die Organe und Institutionen der Gemeinschaft sind verpflichtet, dem Bürgerbeauftragten die von ihm erbetenen Auskünfte zu erteilen und ihm Zugang zu den betreffenden Unterlagen zu gewähren. Sie können dies nur aus berechtigten Gründen der Geheimhaltung verweigern.

Deckt der Bürgerbeauftragte einen Missstand auf, so befasst er die betreffende Institution. Die befasste Institution übermittelt ihm dann binnen drei Monaten eine begründete Stellungnahme. Der Bürgerbeauftragte legt anschließend dem Europäischen Parlament und der betreffenden Institution einen Bericht vor. Der Beschwerdeführer wird ebenfalls über das Ergebnis der Untersuchungen unterrichtet.

Der Bürgerbeauftragte legt dem Europäischen Parlament alljährlich einen Bericht über die Ergebnisse seiner Untersuchungen vor.